Organi dell'Osservatorio Nazionale sulla Salute nelle Regioni Italiane sono: la Direzione, la Segreteria Scientifica, il Comitato Scientifico, i Centri di Riferimento Regionali con i relativi Responsabili, il Collegio dei Revisori (art. 5 dello statuto).

La Direzione è costituita dal Direttore e dal Responsabile Scientifico ed ha responsabilità di guida, indirizzo e coordinamento delle attività dell'Osservatorio (art. 6 dello statuto).

La Segreteria Scientifica è organo fiduciario della Direzione ed è costituita da sei persone (di cui un Segretario Scientifico e un Responsabile Organizzativo) identificate tra coloro che hanno idonei e riconosciuti requisiti scientifici e professionali. La Segreteria Scientifica ha il compito di gestire l'attività dell' Osservatorio, in particolare disciplina le modalità di partecipazione alle attività statutarie, definisce obiettivi, programmi, scadenze e finanziamento delle linee di ricerca e sviluppo nel corso dell'anno e ne individua i relativi responsabili (art. 7 dello statuto).

Il Comitato Scientifico è costituito da membri nominati dalla Direzione, tra le eminenti figure di rilievo internazionale nel campo della Sanità pubblica, economia, gestione dei servizi sanitari e delle altre tematiche di interesse dell'Osservatorio. Il Comitato programma e valuta insieme ai Centri di Riferimento Regionale le attività svolte, secondo le linee di indirizzo predisposte dalla Direzione (art. 8 dello statuto).

I Responsabili dei Centri di Riferimento Regionali sono nominati dalla Direzione, nell'ambito di figure di chiara fama nelle realtà territoriali di competenza. […] Ogni Centro è responsabile di produrre un rapporto periodico relativo all'impatto dei determinanti organizzativi e gestionali su cui si fonda il Sistema Sanitario Regionale sullo stato di salute della popolazione di riferimento, redatto secondo uno schema approvato dalla Segreteria Scientifica e dal Comitato Scientifico (art. 9 dello statuto).